労務管理に精通する労務管理士です

①喫煙者という理由での不採用
→認められます。雇入れ前の完全人事裁量権は会社にあります（最高裁：三菱樹脂事件）

②勤務時間中の喫煙の制限
→認められます。労基法では「休憩時刻」及び「始業時刻前・終業時刻後」は労働者の自由利用が義務づけられていますが
　逆に「就業時間中」は会社の指揮命令下にあるものとされていますので、原則として会社が認めない行為はできません

例外として認められる行為
・排尿、排便
・給水
・手洗い
・授乳（育児時間）
・選挙投票行為、裁判員としての出廷（公民権行使）


例えば就業規則の服務規律に「就業時間中に喫煙をしてはならない」と定め
「懲戒事由」に「服務規律違反」を定めれば

勝手に勤務時間中に喫煙した社員を懲戒処分に処することが可能です
懲戒の程度は、当然戒告（始末書等）よりも重い処分にすることは、その権利を濫用したとして無効です
が、戒告を重ねても違反行為が繰り返される場合は１週間の出勤停止処分などに以降することは有効です

会社には職場の風紀を乱すものを取り締まる権利があります。
休憩時間中の外出や自由利用（近くのコンビニで喫煙するなど）を認めていれば会社の敷地内での喫煙を禁止することも可能です