任天堂が基本特許を取得
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コロプラが上記基本特許の周辺特許を取得
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コロプラが上記周辺特許を利用したプニコンを実装

記事を読む限りは、
コロプラには無能な知財担当しかいないので、周辺特許を取得していれば基本特許を回避できると勘違いして、任天堂の交渉を無視した

恐らくこれが一番の問題