想定運賃料金(運賃+普通車指定席・通常期)
フル新幹線時(鹿児島ルートを参考)
博多−長崎(実)　139km　2480+3000
博多−長崎(在)　153.9km　2810+3000
博多−佐賀　53.6km　1110+1750

ミニ新幹線時(ミニ新幹線区間は在来線特急運賃)
博多−長崎(実)　139km(ミニ区間50.4km)　2480+2590　3000-(1750-1340)
博多−長崎(在)　153.9km(ミニ区間50.4km)　2810+2590　3000-(1750-1340)
博多−佐賀　53.6km(ミニ区間22.1km)　1110+1320＃　1750-(1250※-820)
※1750-(2250-1750)=1250
＃在来線より安くなるため、1340円とされるだろう

今
博多−長崎　153.9km　2810+1900
博多−佐賀　53.6km　1110+1340