大陸から来た使者が訪れた場所という意味なら邪馬台国の場所は九州だろうな。
だがその九州の邪馬台国は当時すでに畿内の邪馬台国(ヤマト政権)の支配的影響下にあったというのが正解だろう。
考古学的に畿内から後の日本となる支配勢力が拡がっていったのはほぼ間違いない。
だが、外交的な出先機関としては九州の国々もある程度独立しながら機能していたと考えるのが自然。