要するに、>>1にも書かれているように
本部側が暴利を得ている問題があるだろ

チャージ設定を変更して、オーナー側が人を雇えるような店舗運営か出来るようにすればいい。

契約自由と言われればその通りだが、フランチャイズ契約の社会問題と言える。