前にも書いたけど、
在来線は第三セクター化した上で、そこにミニ新幹線を走らせてはどうかな。

工事費は発生するけど、在来線はこれまで同様に維持できるし、
三セク化した分意向も反映しやすくなる。
何よりも、ミニ新幹線が走るわけだからJRから線路使用料を取れる。