いっそのこと二次試験に加点するのをやめたらどうだろう

その代わり、共通テストで一定の点数取れてなければ私大も含め大学を受験する資格を与えない
あくまで中等教育修了レベルにあるという事を証明するだけの試験と位置づければどう?

クリアしてればどの大学にでも出願は出来るが、二次試験でがっつり落とす