Excelは情報処理を学んでいない人が使うのに適した非常に強力なツールなんですよ。
実際に作業している人が、その業務に一番精通しているので、自分たちでツールを作れるなら、それが一番良い。
ある程度フローが出来てきたところで、トップダウンでシステムを構築してもらえば良いんじゃないですかね。