リニアのトンネル湧水は地下水で、河川法の対象外なのです
伏流水だから対象だという人がいますが、大井川上流域はV字谷地形であり伏流水はありません

https://www.mlit.go.jp/river/riyou/main/suiriken/sinsei/index.html
水利権は、河川法上の河川の流水を占用する権利に限定されています。
従って、河川法上の河川でない普通河川や溜池からの取水、地下水や海水の取水は水利権の対象となりません。
ただし、河川の流水は表流水に限られるものでなく、伏流水であっても河川の流水が一時的に伏流しているものは、
河川区域の内外を問わず水利権の対象となります。