【IT医療】理研 スパコン富岳で新型コロナ表面の構造変化を解明 治療薬などの設計貢献に期待（糖鎖を逆手に取る弱点研究が可能） [どこさ★]
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理研、スパコン富岳で新型コロナ表面の構造変化を解明。治療薬などの設計貢献に期待
宇都宮 充2021年2月18日 21:26
https://pc.watch.impress.co.jp/docs/news/1307376.html
https://pc.watch.impress.co.jp/img/pcw/docs/1307/376/01.jpg
理化学研究所(理研) 計算科学研究センター粒子系生物物理研究チーム、
開拓研究本部杉田理論分子科学研究室らによる研究チームは18日、
スーパーコンピュータの富岳およびOakforest-PACSを利用して、
新型コロナウイルス(SRAS-CoV-2)の表面に存在する
スパイクタンパク質の構造変化機構を解明したと発表した。
これにより、感染予防や治療に向けた医薬品の分子設計に貢献することが期待される.
SARS-CoV-2は、ウイルス表面のスパイクタンパク質を
ヒト細胞表面のACE2受容体に結合・吸着することでヒト細胞に侵入する。
このスパイクタンパク質の立体構造に関しては分析が進んでおり、
受容体結合ドメインがダウン型およびアップ型の構造をもち、
表面の多くのアミノ酸が糖鎖によって修飾されていることがわかっている。
一方、糖鎖については分子構造がわかっておらず、
ヒト細胞に侵入するさいの糖鎖の役割についてもわかっていなかった。
研究チームでは、スーパーコンピュータの富岳とOakforest-PACSを用いて、
ダウン型およびアップ型構造におけるスパイクタンパク質の
1μsの分子動力学計算を行なうシミュレーションを実施。
アミノ酸-アミノ酸およびアミノ酸-糖鎖の相互作用を解析した。
https://pc.watch.impress.co.jp/img/pcw/docs/1307/376/02.jpg
https://pc.watch.impress.co.jp/img/pcw/docs/1307/376/03.jpg
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https://asahi.5ch.net/test/read.cgi/newsplus/1607669163/ 去年も富岳が既存の薬から治療薬探すと言ってたけど
結果は出ないまま終了したのか 解析だけしても有効利用してるの？
既存薬の時の二の舞になりそうだけど そんな計算いらねえから、厚労省の用意した注射器じゃ5回しかワクチンを打てないとかそういうのを先回りて教えろよカス で、ちんたらやって間に合わないんだろ
学者が遊んでるだけじゃん >>1
■少しだけ専門記事が読めるコロナ4つの豆知識
１、たんぱく質部位の「E484K」の変異とは、2020年に開発された旧ワクチンが効きにくいという意味。指名手配写真が古くなった。
２、たんぱく質部位の「N501Y」の変異とは、感染力が高くなるという意味。ヒトの細胞表面のACE2にくっつく。
３、アビガン、レムデシビル、モルヌピラビルの３つのウイルスRNAポリメラーゼ阻害薬は変異ウィルスにめっぽう強い。
４、安くて入手が合法なイベルメクチンは良く効き、体に1週間以上残留するので予防にも使える。効き方に謎多い。
状況は絶えず変化し実際はもっと複雑。これは傾向だから他人へ100％こうだという断言はだめよ。 ＞解明 治療薬などの設計貢献に期待
「期待」いつもここまでなんでしょ？ｗ 天然痘治すのに牛痘知らない富嶽にいくら計算させてもダメに決まってんだろｗ
例え牛痘知ってても秒で弾くわ
なんなら今から計算とやらをさせてみればいい ハードウェアか優秀でも使う奴がアホなんで何の意味も無い >>1
これスウェーデンかどっかの学生が去年発表してなかったっけ？
構造３Dモデルとかいって
それを使って計算したのかな もう遅い
強欲無能官僚を駆逐する方法を分析した方が近道だと思う 富岳って結局コロナ関連でガセネタばっかり提供したじゃん
いくらコンピュータが優秀でも扱う人間がゴミならコンピュータもゴミになってしまう 結局いくらハードで凄い物作っても
ソフトが駄目なら役立たず
日本はいつもこのパターン
>>25
そのとおり ケチ付けることに関しては律儀だよね
おまえらってｗ スパコンにソフトがどうだらとか言ってる凄まじい知障ｗｗｗ なんで今頃
もう１年も経っているのに
やる気がないのに経済止めてどうすんのよ ＞役に立ってないよね
低知能糞食い土人の血涙が哀れを誘うｗｗｗ トゲトゲをなくす、持続性の薬がでれば、コロナに感染しないな！すげえ この手の道具を扱わせたら日本人ほどダメな民族はいないからな
出てきた答えを疑う。そこは構わないが次に無視する。頭の中に致命的な欠陥でも有るのかよ 富岳使って何か問題を解決してことあるの？
飲食時の飛沫の飛び方とかチンケなことしかやってないよな 理解できないからけなすしかない低レベルなレスで溢れていて嘆かわしい。 >>38
一部の文系って、こんなもんだよ。自分の理解を越えたらすべて敵に見えるもんさ。
問題は敵視で終われないこいつらｗ 気象予報みたいなもん？
微細な分子がどう動いてどうなるか計算してるん？
個人差大きそうやけど人体の全部位解明して薬の動きとか分かる日が来るんやろうか？ 身近な所だと気象観測データを基にした天候の予測は今までのスパコンだと6日間掛かってた計算が富岳で4時間で出来る様になってめっちゃ役立ってるんだけどな
役に立たないとか言ってる人ってそれ自分の頭に付いてるものの話でもしてんのかな？
ちな富岳に連結して使ってるcpuは一個から買える様になったから興味のある人は買ってみては >>1
イベルメクチンとアビガンを闇に葬ろうとしているのに
何をやってるんだ。その前に、イベルメクチンを承認しろよ
あれは治療薬になるだけじゃなくて予防薬にもなる
特定の時期に全国民に服用させればコロナは収まるだろ コロナ関連じゃまともに富嶽が使われた珍しい例じゃねえの？
無人電車の換気シミュレーションとか
ダイレクト噴霧のマスクシミュレーションとか
そもそもの設定が頭おかしい利用しかされてなかったからな >>42
すげえな！天気については、よりワイドな気流の、未来予知が出来てるね。
つか天気予報でリアルタイムなエルニーニョ予測も出してほしいね。
将来的には、プレート劣化具合も含めた、今後できうる断層予知や地震予知もしてほしいね。
俺なんか、産まれたときから南海トラフで世間はワーワー！だしｗ イベルメクチン等の既存薬は利権にならないから、無かったことになってる。 処理速度は確かにずば抜けてるけど、所詮シィミュレーションしてるだけだしなぁ >>27
そういうなよ
ただのやってます記事に期待するわけないだろ そんなのに使うな
ワクチン開発につかえ 馬鹿な研究者だな >>45
横から
天然痘ウイルスだけを見ていたのでは、種痘、つまり牛痘ウイルス（に混入した馬痘ウイルス）の接種には辿りつかないだろうって話 >>6
教えるも何も当初は一本5回だったが
ファイザーが途中で注射器変えれば6回取れるから6回分にするわって言ってきただけだぞ 先進国として薬が作れないとはね
スパコン？天気予報だけやっとれ メインプロテアーゼのシミュレーションもやってたよね？
日本の製薬会社が特許を持つ既存薬が1番有力って結果の。
アレはどうなった？？ >>43
全国民が個人輸入して飲めばいいんだ
そして次の選挙は邪魔して来た自公維以外に投票 >>1
日本ってさ、検査キットも作れない、治療薬もない、ワクチンは欧米頼りって凄く恥ずかしくね？もう先進国じゃないでしょこのクニは
中国 検査キット○、治療薬○、ワクチン◎
韓国 検査キット◎、治療薬○、ワクチン○
日本 検査キット✕、治療薬✕、ワクチン×
これ酷くね？ >>56
で、コロナを治すのに富岳は何を知らないって言っているんだ？
知ってても何をすぐに弾くんだ？ >>1
＞貢献することが期待される
貢献してからニュースにしろよｗ
役立たずで税金泥棒の代名詞が理研ｗｗｗｗ 富士通はＡｐｐｌｅと組んでアップルのＯＳをＡＲＭ／ＦＸでも動くようにすると良い。
そうして、Ｇｏｏｇｌｅとも組んでアンドロイドＯＳやChromeOSも動くようにしては
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