登校日数を内申書に書くことが問題になってるわけじゃないでしょ。

一般入試なら単純に入試の点数と中学の評定で合格者決めるんだから、
出席日数なんて考慮しないよ。ボーダーで同点だったら考慮する程度。

問題は、そもそも不登校だと定期試験も受けてなくて、評定が付かず内申点が0になり、それが合格者選抜に使われること。