フェリー会社のサイト等を調べた限りだけど
このフェリーはバリアフリー対応、車椅子用エレベーターも完備
車椅子での乗船方法は介護タクシーで車両デッキからの乗り降り
（クルマの手配は障碍者側の責任、今年7月からは乗船用介護車導入）

これで拒否られたって事は
タクシー用意しなかったとか、長時間の航路なのに一人で乗ろうとしたとか
そんな感じなんじゃないのか？