国交省の資料を読んでるけど
https://web.archive.org/web/20180408071308/http://www.mlit.go.jp/common/001229421.pdf

フルの方がずっと高くつくけど、工期は短いし、もちろん所要時間も圧倒的に短い。
工期が短い分の収入を考えると、フルがべらぼうに高いわけでもなさそう。
費用問題は長崎県が何とかするとして(トランプ大統領みたいだけど)、
並行在来線問題は、肥前鹿島方式の上下分離・JR九州運営にすれば
案外すんなりいくかも知れない。

ミニは工事が大変そう。結局、新線を作った方が安くつくかも。

(って、国交省の資料だからフル規格寄りに作られているのかも知れない)