運賃を比較しても
東京〜博多はJR東海、JR西日本通しの距離計算だから安い
東京〜新函館北斗はJR東日本とJR北海道の運賃を新青森でリセットしてお互いの距離計算にやり直すから高い

JRの運賃は遠距離を買うほど１Kmの移動単価が安くなるし
６０１Kmを超えたら４０Km移動単位で同一運賃の計算だしな