長崎新幹線の佐賀区間だけが３セクになる事は、長崎も望まないと思うよ。

せっかく直通できても新大阪から長崎までのキップを買うのに
「新大阪（ＪＲ西）博多（ＪＲＱ）新鳥栖（３セク）武雄温泉（ＪＲＱ、通算）長崎」と
運賃・特急料金を打ち切り合算されたら、かなりの高額になって観光誘致に不利になる。

３セク区間を含むキップは割引対象外とかネット予約できないとか、何かと細かい嫌がらせをされそうだし。