神武はそもそもただの雇われ店長。
卑弥呼と遠い血縁関係にあっただろうが、あくまで傍系。
それより、純粋に近畿系の崇神の母方系に血統を変えたほうが
近畿日本としては都合がよい。

だから、記紀では仲哀暗殺を事実上是認している。