聞き間違いがないように指示は滑走路上待機と離陸許可の2つのみ、
更に機長と副機長とは指示内容を復唱する。

この前提でなぜ誤解が生じたのか。無線が聞き取りにくいといっても、
「line up and wait(ライン〜)」と「cleared for takeoff(クリア〜)」って、
日頃から使ってれば聞き分けるのに発音関係ないような

可能性としては、復唱も省いて機長の独断で滑走路に入った、というほうが、
2人以上の人間に認識違いが生まれるよりは大きい気がする
緊急なミッションとか、機長がスタッフより若いとか、なんかその辺もあるかもしれんし